該院創立于1899年，歷經一個多世紀的發展，該院的醫療服務水準已經達到日本領先水平。而作為日本著名大學京都大學的附屬醫院，在醫療研發方面也走在日本前列。諾貝爾醫學獎獲得者山中伸彌，本庶佑皆出自京都大學。而京都大學醫院利用特有的優勢，能夠在前沿醫學研究到臨床應用方面，實現高效的轉化。